Halal Center berangkat dari dikeluarkannya UU No. 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal. Jaminan Produk Halal merupakan tanggung jawab pemerintah, oleh karena itu pemerintah melalui Kementerian Agama membentuk suatu badan yakni Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH). BPJPH dalam melaksanakan programnya harus membentuk suatu lembaga indepen yang dapat didirikan oleh perguruan tinggi maupun organisasi keagamaan islam berbadan hukum, lembaga itu dinamakan Lembaga Pemeriksa Halal (LPH).
LPH Universitas Islam Balitar didirikan berdasarkan SK Yayasan Nomor 001/YBCAB/PB/VII/Th.2019 yang kemudian membentuk suatu lembaga yang sekiranya dapat menaungi semua kegiatan dari LPH, maka terbentuklah suatu badan di tahun 2022 yang bernama Halal Center. Halal Center UNISBA menaungi enam bidang di bawahnya yaitu Lembaga pemeriksa halal (LPH), Lembaga pendamping proses produk halal (LP3H), Lembaga Pendidikan dan pelatihan profesi halal, Lembaga riset dan kajian halal, Lembaga humas, media, dan informasi teknologi, serta Lembaga laboratorium halal.